『シェンムーII』では、主人公、芭月涼（はづきりょう）が香港に渡ったところから物語がスタートする。香港に渡る際の手助けをしてくれた陳大人からの紹介状を頼りに、香港の海辺の街アバディーンで、謎の手がかりをつきとめるべく桃李少（トウ・リショウ）老師を求めてさまよい始める涼。そんな彼だが、旅の前途も危うくなるような強烈な洗礼を浴びせられる。謎を解くカギとなる“鏡”を奪われてしまうのだ。
涼は、“鏡”を取り戻すことができるのか？そして、桃李少老師はいったいどこに？